苯系物對人體的危害，許多苯系物對生物體具有毒性，對人類健康能夠產生直接危害。經研究，BTEX具有神經毒性（引起神經衰弱、頭痛、失眠、眩暈、下肢疲憊等癥狀）和遺傳毒性（破壞DNA），長期接觸可以導致人體患上貧血癥和白血病。世界衛生組織2002年公布，空氣中苯的濃度為7、1.7、0.17μg/m3，時，人一生患白血病的單位額外危險估計值分別為100×10-6， 10×10-6，1×10-6。有學者還提出，人體若每天8小時暴露于1-5 ppm濃度的苯中，40年后，患白血病的風險提高3倍。但對于苯的健康闕值，至今仍沒有定論。

其他苯系物也是，比如，1996年世界衛生組織的國際癌癥研究小組對苯乙烯進行研究后得出結論，認為苯乙烯有致癌作用。呼吸苯乙烯氣體會使人產生淋巴瘤、造血系統瘤和非瘤疾病，尤其是中樞神經系統的疾病，后者具有潛伏性。流行病學調查結果提示苯乙烯可能存在嚴重的生殖危害，隨著呼吸苯乙烯氣體時間的持續和劑量的積累，危險性更大。

另外，許多苯系物具有刺激性氣味，相當一部分物質例如苯乙烯能產生使人很不愉快但很難說是臭味的味道，降低了人們的生活環境質量。需要說明，化學上的惡臭（odour）是指一切刺激嗅覺器官引起人們不愉快及損壞生活環境的氣體物質。而苯系物揮發性有機氣體與惡臭氣體在危害與控制等方面具有許多相似之處。

除了對人類健康產生直接的影響外，許多苯系物還能夠引起城市的光化學煙霧，產生二次污染對人類健康產生更大的危害。苯系物的污染范圍不僅僅局限在一個城市或國家內，隨著它的擴散與遷移，甚至可能引起包括大規模區域環境問題，因此苯系物的污染具有跨國性。

由于苯系物的顯著環境效應及健康效應，發達國家一般已把大氣中BTEX的濃度作為大氣環境常規監測的內容之一，并規定了嚴格的室內外空氣質量標準。